สมาคมนักวิชาชีพไทยในยุโรป ถือกำเนิดขึ้นจากการรวมตัวกันของนักวิชาชีพไทยที่มีถิ่นพำนักในทวีปยุโรป และนักศึกษาไทยที่กำลังศึกษาในระดับบัณฑิตวิทยาลัยในทวีปยุโรป ที่ต้องการมีส่วนร่วมในการสนับสนุน การพัฒนาศักยภาพทางด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีในประเทศไทย โดยสมาคมฯ ได้รับการก่อตั้งขึ้นอย่างไม่เป็นทางการในปี พ.ศ.๒๕๓๖ และได้รับการสนับสนุนในการจัดตั้งและดำเนินงาน จากกระทรวงวิทยาศาสตร์ เทคโนโลยี และสิ่งแวดล้อม ของประเทศไทย ในขณะนั้น

สมาคมนักวิชาชีพไทยในยุโรปได้รับการจดทะเบียนจัดตั้งขึ้นอย่างเป็นทางการ ภายใต้ชื่อภาษาอังกฤษว่า The Association of Thai Professionals in Europe (ATPER) ที่ La Préfecture de Police Paris ประเทศฝรั่งเศส ในปี พ.ศ.๒๕๔๐